Opis[]
Dwanaście lat przed rozpoczęciem serii, Dziewięcioogoniasty Demoniczny Lis zaatakował Konohagakure, niszcząc znaczną część wioski i zabierając wiele żyć. Lider Konohy, Czwarty Hokage poświęcił swoje życie, by zapieczętować Dziewięcioogoniastego w noworodku Naruto Uzumakim. Osierocony z powodu Dziewięcioogoniastego, Naruto dorastał unikany przez mieszkańców wioski, którzy postrzegali go jako samego Dziewięcioogoniastego i dzieci, które odczuwały taką samą niechęć w kierunku Naruto co ich rodzice. W swoim pragnieniu, by zostać uznanym, Naruto przysiągł, że kiedyś zostanie najwspanialszym z Hokage, którego wioska nigdy nie widziała.
Część I[]
Wprowadzenie[]
Kraj Fal[]
Nowy Kapitan Drużyny Siódmej[]
Krótki wątek fabularny, który przybliża nam postać jōnina z Konohy, Shimona Karvaesa, a późniejszego głównego antagonisty Części III.
Egzamin na Chūnina[]
Inwazja na Konohę[]
Poszukiwania Tsunade[]
Ściganie Sasuke[]
Część II[]
Ratowanie Kazekage[]
Sasuke i Sai[]
Hidan i Kakuzu[]
Trójogoniasty[]
Poszukiwania Szponu Feniksa[]
Wątek, w którym Drużyna Kakashiego wyrusza, by pomóc Shimonowi z odzyskaniem starego artefaktu jego klanu. Potyczka ze smokiem i spotkanie z duchem protoplasty klanu Karvaes.
Polowanie na Itachiego[]
Inwazja Paina[]
Szczyt Pięciu Kage[]
Ograniczenie Jinchūriki[]
Światowa Wojna Shinobi[]
Część III[]
Prolog[]
Bardzo krótkie wprowadzenie do trzeciej części w Naruto, w którym Poszukiwacz zabiera Madarze i Obito ich cenne dōjutsu i pokazuje im swoją twarz.
Egzekucja[]
Opowiada o wyjaśnieniach, które miały miejsce przez dwa lata od czasów wojny. Sasuke Uchiha, który zostaje skazany na śmierć, lecz przez okres czasu wyżej podany będzie mógł żyć jak normalny shinobi ze względu na zasługi podczas wojny, związuje się z Sakurą. Podczas jego egzekucji, Naruto z przyjaciółmi próbują przeszkodzić, chociaż całą sytuację "ratuje" pojawienie się Shimona, który ujawnia swoją prawdziwą tożsamość, a także przedstawia plany dominacji nad światem.
Przygotowania Wojny[]
Sasuke zostaje zdjęta kara śmierci o ile pomoże w nadchodzącym konflikcie, na co się zgadza. Rozwija się wątek miłosny między Naruto, a Hinatą. Shimon rozkazuje porwać Hinatę Shinnō i Kakuzu. Dwójka wykonuje rozkazy, a Naruto z przyjaciółmi decydują użyć portalu do wymiaru Shimona i ruszyć na ratunek Hinacie.
Pustynia Śmierci[]
Naruto i reszta przybywają do wymiaru Shimona, zwanym Pustynią Śmierci. Pojedynki z członkami Miecza i Zodiaku m.in. Naruto kontra Shinnō.
Krwawa Wojna[]
Shimon wraz z resztą Miecza i Zodiaku przybywają do Konohy, gdzie stawiają czoła Zjednoczonym Siłom Shinobi. Grupa na Pustyni Śmierci kończy swoje walki i odbija Hinatę, choć wcześniej Naruto musi jeszcze walczyć z Kakuzu, z którym wygrywa. Choć Zjednoczonym Siłom Shinobi udaje się wygrać pierwotne walki, to grupa przeciwko samemu Shimonowi nie ma szans. Przybywa Naruto i próbuje walczyć z Shimonem, lecz i on nie ma szans. Sasuke pojawia się i wysyła Naruto na Górę Myōboku, by przeszedł kolejny trening. Sasuke przegrywa, ale pojawia się Naruto, który zyskał Miecz Duszy i pokonuje Shimona. Naruto zostaje Szóstym Hokage i żeni się z Hinatą, a Sasuke z Sakurą.